臨床病理和病理科研工作是密不可分的，同時(shí)，病理科研工作也有著自己的特點(diǎn)。
細(xì)胞計(jì)數(shù)
    病理圖像分析系統(tǒng)的應(yīng)用，使得區(qū)域內(nèi)細(xì)胞的絕對(duì)數(shù)和單位面積的細(xì)胞密度的計(jì)算成為一項(xiàng)簡(jiǎn)單的工作。
免疫組化計(jì)算
    研究表明應(yīng)用圖像分析技術(shù)對(duì)細(xì)胞核DNA含量進(jìn)行定量分析，能較好地反映病理圖像與DNA倍體分析，結(jié)果與流式細(xì)胞儀測(cè)定結(jié)果非常接近。亦有學(xué)者用計(jì)算機(jī)圖像處理技術(shù)，對(duì)痰涂片中巴氏染色的角化性鱗癌細(xì)胞（KSCC）、非角化性鱗癌細(xì)胞（N KSCC）和腺癌細(xì)胞（ACC）胞漿進(jìn)行了色度學(xué)定量分析，結(jié)果KSCC的紅、綠、藍(lán)色值顯著高于N KSCC和ACC，且差值較大，而灰度在各組間的差值則較小，KSCC與N KSCC，KSCC和ACC的色度差值較大，差異較為顯著，KSCC、N KSCC、ACC三組間飽和度差異顯著，KSCC明顯高于N KSCC和ACC，從而認(rèn)為紅、綠、藍(lán)色值、色度、飽和度等描述圖像色彩指標(biāo)在KSCC和N KSCC、KSCC與ACC的漸變中有重要價(jià)值，其分辨的敏感程度由于灰度圖像分析。免疫組化染色經(jīng)DAB顯色后陽(yáng)性細(xì)胞呈棕色，再經(jīng)過(guò)蘇木素復(fù)染，將著一定的藍(lán)色，這會(huì)在一定程度上影響對(duì)染色的判定。采用對(duì)媒體彩色圖像分析系統(tǒng)進(jìn)行定量分析，分別測(cè)定紅、綠、藍(lán)三種顏色的色值，可用來(lái)區(qū)分細(xì)胞對(duì)不同顏色的著色程度，并可通過(guò)三基色色值或計(jì)算色度、飽和度、灰度來(lái)對(duì)細(xì)胞呈現(xiàn)的色彩進(jìn)行定量描述。本研究結(jié)果顯示，對(duì)同一組織類型、同是免疫組化染色陽(yáng)性的肺癌細(xì)胞，一些反映著色色彩的指標(biāo)在不同分化程度之間確實(shí)存在著差別，這種差別單純應(yīng)用定性指標(biāo)或形態(tài)學(xué)指標(biāo)無(wú)法充分顯示，圖像分析技術(shù)則可彌補(bǔ)這一不足。
    以前，對(duì)于免疫組化中強(qiáng)陽(yáng)性、中陽(yáng)性、弱陽(yáng)性的計(jì)算是不可能的，現(xiàn)在，病理圖像分析系統(tǒng)的應(yīng)用，是的這份工作變得十分輕松，對(duì)于科研工作中的比較有著重大意義。病理圖像分析系統(tǒng)的應(yīng)用，極大地豐富了病理科研工作的方法，使得病理工作人員的思路開闊了許多，使得一些原來(lái)不可能的工作如：腺體形態(tài)計(jì)算、DNA計(jì)算、AGNOR計(jì)算變得簡(jiǎn)單起來(lái)。